Metódy chemickej syntézy peptidov zahŕňajú syntézu peptidov v roztokovej -fáze a syntézu peptidov v pevnej -fáze. Syntéza peptidov v-fáze roztoku zahŕňa spojenie aminokyselín v roztoku; typicky prebieha v smere od C-konca k N{5}}terminálu a je vhodný na syntézu krátkych peptidov (napr. tých, ktoré obsahujú menej ako 10 aminokyselín). Bežne používané ochranné stratégie zahŕňajú metódy BOC (terc-butyloxykarbonyl) a Z (benzyloxykarbonyl). Tento prístup ponúka výhody, ako sú nižšie náklady a jednoduchosť{12}}zväčšovania, hoci si vyžaduje čistenie medziproduktov. Použité primárne kondenzačné činidlá sú karbodiimidového typu (napr. DCC); tieto však môžu vyvolať racemizačné vedľajšie reakcie, ktoré možno potlačiť pridaním aditív, ako je HOBt.
Základný princíp syntézy peptidov v tuhej -fáze zahŕňa imobilizáciu C-koncovej aminokyseliny peptidového reťazca na pevnom nosiči (ako je živica). Peptidový reťazec sa potom progresívne predlžuje sériou opakujúcich sa krokov zahŕňajúcich deprotekciu, aktiváciu a kopuláciu; smer syntézy vo všeobecnosti postupuje od C-konca k N-koncu. Hlavnými používanými ochrannými stratégiami sú metódy BOC (terc-butyloxykarbonyl) a Fmoc (9-fluorenylmetyloxykarbonyl), pričom metóda Fmoc sa ukázala ako dominantný prístup vďaka svojim miernym reakčným podmienkam. Bežne používané kondenzačné činidlá zahŕňajú činidlá karbodiimidového -typu (napr. DCC) a óniové soli (napr. HBTU). Po syntéze sa musí peptid odštiepiť-typicky pomocou činidiel, ako je TFA alebo HF, aby sa eluoval z nosiča živice.
Výber metódy syntézy peptidov závisí od dĺžky peptidového reťazca a špecifických charakteristík jeho sekvencie: syntéza na pevnej -fáze ponúka vysokú účinnosť a je ľahko prístupná automatizácii, vďaka čomu je vhodná- na syntézu stredne dlhých- peptidov (napr. približne 30 aminokyselín); naopak, syntéza v roztoku- je vhodnejšia na výrobu krátkych peptidov. Pre „ťažké“ peptidy,-ako sú sekvencie náchylné na agregáciu alebo tie, ktoré obsahujú špecializované aminokyseliny-, možno použiť alternatívne stratégie, ako je pseudoprolínová metóda alebo metódy ochrany *orto*-hydroxybenzyl{11}}typu.